Kerjasama Sekolah Tinggi Ilmu Kesehatan YKY Yogyakarta meliputi kerjasama Tingkat Internasional, Nasional dan Regional/Lokal. Kerjasama dilakukan untuk menunjang kegiatan Tri Dharma Perguruan Tinggi dan kegiatan lainnya dengan berasaskan saling memberikan manfaat. Kerjasama Tingkat Internasional dilakukan dengan Lincoln University College Malaysia. Kerjasama Tingkat Nasional diantaranya dengan Wo Care, Joycare,PT Ku Buku dan dengan Universitas Indonesia. Sedangkan Kerjasama Tingkat Regional/ Lokal diantaranya adalah dengan rumah sakit (RSUP Dr Sardjito, RSJ Grhasia, RSUD Sleman, RSUD Wates, RSUD Wonosari, RSUD Panembahan Senopati, dll), Institusi pendidikan (UMY, Unisa, Poltekes Yogyakarta, UI), Dinas Kesehatan, Pemerintah Daerah, Panti Wredha Budi Dharma, dan SLB.