Sekolah Tinggi Ilmu Kesehatan (STIKES) YKY Yogyakarta merupakan institusi pendidikan yang diselenggarakan oleh Yayasan Keperawatan Yogyakarta. Yayasan Keperawatan Yogyakarta disahkan dengan Surat Keputusan Menkumham Akta Notaris Nomor 19 tanggal 16 Mei 2016 dan disahkan oleh Menteri Hukum dan Hak Azasi Manusia dengan Keputusan Nomor. AHU-AH.01.06.0002523 tertanggal 7 Juni 2016. Sekolah Tinggi Ilmu Kesehatan YKY Yogyakarta  merupakan perubahan bentuk dari Akademi Keperawatan (AKPER) YKY Yogyakarta. Akper YKY Yogyakarta didirikan pada tahun 1995 dengan satu program studi yaitu Diploma III Keperawatan. Akper YKY Yogyakarta resmi berubah bentuk menjadi Sekolah Tinggi Ilmu Kesehatan dengan penambahan prodi baru Keselamatan dan Kesehatan Kerja (K3) program sarjana berdasarkan Surat Keputusan Kementerian Pendidikan, Kebudayaan, Riset dan Teknologi Nomor 581/E/O/2024 tertanggal 9 September 2024 tentang Izin Perubahan Bentuk Akademi Keperawatan YKY Yogyakarta di Kabupaten Bantul menjadi Sekolah Tinggi Ilmu Kesehatan YKY Yogyakarta di Kabupaten Bantul Daerah Istimewa Yogyakarta. SK Perubahan Bentuk diserahkan oleh Kepala LLDIKTI Wilayah V pada tanggal 30 September 2024.